زیرسیستم جامع بیمه و بهداشت اطلاعات مربوط به بیمههای تکمیلی کارکنان و خانواده ایشان، شرکتهای بیمه طرف قرارداد، مراکز درمانی طرف قرارداد، طبقه بندی بیماریها و هزینههای قابل پرداخت بابت هریک و نیز اطلاعات پزشکی کارکنان و … را نگهداری مینماید. این زیر سیستم با زیرسیستم حقوق و دستمزد در ارتباط بوده و موارد لازم جهت کسر از حقوق کارکنان را به زیرسیستم حقوق و دستمزد ارسال مینماید.